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世界各大都市（如紐約、倫敦、巴黎、莫斯科）遭到神秘巨大機器人的襲擊，造成嚴重破壞。​這些機器人是由米克奈帝國的暗黑大將軍派出的戰鬥獸軍團的先鋒部隊。​當東京面臨威脅時，主角兜甲兒駕駛無敵鐵金剛前往迎戰。然而，這些新出現的戰鬥獸比以往的機械獸更為強大，令兜甲兒陷入苦戰。​儘管最終擊退了敵人，保護了東京，但無敵鐵金剛也受到了嚴重損傷，光子力研究所遭到破壞，兜甲兒的弟弟兜史郎身受重傷，生命垂危。​...

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很久以前，在一個擁有三位王子的國度中，國王命令他們守護生長著金蘋果的樹。唯有年幼的漢斯王子展現了勇氣，他毫不猶豫地射出箭並擊中一隻偷蘋果的金鳥並落下羽毛。國王下令找到這隻鳥，卻發現牠被遠方卡內馬奇國的巫婆飼養......

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離現代很遙遠的未來-S.D.（Superior Dominance：特殊統治體制，西曆3千幾百年）的時代。人類是由超級電腦完全的管理下，分開著教育孩子專用的行星與經營社會的成年行星。 在離開地球遠方的殖民行星亞塔那克西亞成長的少年裘米·馬其斯·辛，從「甦醒之日」（=14歲的生日）的幾天前開始做著不可思議的夢：他與兩名盲眼美少女和藍髮年輕人對話。 在「甦醒之日」接受成人檢查的途中，裘米被夢中出現的藍髮年輕人解救。其實所謂成人檢查是為了作為社會一員的適應性，在消除過去的記憶及洗腦的同時，也為了發...

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恐星大王費加為了擊敗金剛戰神，派遣親衛隊長巴倫多斯前往地球執行任務。​巴倫多斯在月球基地短暫停留，警告兩名官員如果他成功，他們將被解職並處決。​抵達地球後，巴倫多斯擄走了宇門大介的盟友——兜甲兒。​在囚禁期間，兜甲兒被施以精神控制，透露了金剛大魔神的存在及其所在地。​費加大王得知後，命令部隊奪取金剛大魔神，並利用它對抗金剛戰神。​兩大機器人展開激烈戰鬥，最終在兜甲兒的協助下，宇門大介成功解除金剛大魔神的控制，兩人攜手擊退了費加星聯軍的進攻...

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